Il suo territorio e pianeggiante per il 53,3%, collinare per il 45,3% e montuoso solo per l’1,5% cio la rende la regione meno montuosa d’Italia. I monti piu elevati si trovano nel subappennino Dauno: il Monte Cornacchia (1152 m), e sul Gargano, con il Monte Calvo (1055 m).
Le pianure sono costituite dal Tavoliere delle Puglie, che occupa quasi la metà della Capitanata, della fascia costiera della Terra di Bari e della Pianura Salentina.
Il territorio collinare pugliese è suddiviso tra le Murge e le Serre Salentine. L’identità morfologica della Regione può così esser suddivisa, da Nord a Sud, seppur senza netti contrasti: il Gargano, il Subappennino Dauno, il Tavoliere delle Puglie, le Murge, l’Arco Ionico Tarantino e il Salento.
In Puglia il clima è tipicamente mediterraneo: le zone costiere e pianeggianti hanno estati calde e umide ed inverni abbastanza miti. Le precipitazioni, concentrate durante l’autunno inoltrato e l’inverno, sono scarse e per lo più di carattere piovoso. Tuttavia, sul Subappennino Dauno, il Gargano e l’Alta Murgia durante l’inverno non sono rare le precipitazioni nevose e le nebbie notturne, anche a carattere persistente.